目前洁净手术室的最常见空调方式为全空气系统。但是普遍认为全空气净化空调系统相对耗能、造价偏高，因此，在一些净化要求不高的净化区域，普通空调系统加超低阻高中效过滤器得到了应用。
净化空调系统新风系统的室内负荷属于常年负荷变化很小，其负荷变化主要来源于新风部分。为了保证循环空调系统的稳定运行，建议优先选用独立的新风机组。在一些系统较小，或安装空间有限的情况，不设置单独的新风系统，采用空调循环机组自吸新风
新风机组与空调循环机组一拖一方案使用相对较少，往往只有采用新风深度除湿方案才会使用。通过估算得出循环机组一拖多比一拖一更加省初投资，但对于同时使用系数偏低的项目，运行成本偏高，新风机组的结论相似，但这里可以靠变频有效降低能耗。另外，空调循环机组进口设有定风量阀，有效控制系统运行稳定。
净化空调系统的循环空调系统是整个系统的核心部分，围绕着整个洁净手术部和其他净化区域，依托其他系统，有效的完成加热/表冷、加湿/除湿、中效过滤、风量调节、压差控制等功能。
净化空调系统手术室循环机组合用
实际工程应用中，高级别手术室不允许合用循环机组，Ⅲ级、Ⅳ级手术室循环机组合用情况较多，一拖二或一拖三能有效降低机组初投资费用。通过合理的手术排班保证合用的手术室同时启停，可有效避免能源浪费。
但一拖多的调试难度较大，无论初调节和运行故障调试难度均增大。拿相对压力调节举例，当发现手术室安装的压差表压力不符合要求时，一拖一的循环机组形式调试相对容易，只需调节机组新风管上的定风量阀即可（假设其他参数均符合要求）；分析一拖三情况，三间手术室中有一间出现压力不足时，就不应该直接调节新风阀，而应该单独调节该手术室送风或回风的支管阀门，往往需要调试人员从手术室内拆除室内洁净灯钻进夹层进行调节。调试工作往往需要熟悉系统及现场情况专业的调试人员进行。
合理的选择净化空调系统，对于手术室非常重要，新风量关系到洁净度。适合最重要。
