空调净化的设计是与工艺的布局、生产流程密切结合的。不同类型，不同用途的洁净室空调净化系统都各有特点，
该洁净室的十级、百级、千级区域均有温度和湿度的控制要求，空调系统用的洁净空气处理机组的冷源采用7/12℃冷冻水（或者蒸发温度为7℃的环保冷媒），加热采用45/40℃的热水（或者PTC电加热），加湿采用电极式加湿器；过滤器配置初、中、亚高效三级过滤器。洁净实验室内，千级及百级区域采用H14高效过滤器，十级区域采用U16超高效过滤器送风方式。采用的气流形式为顶部送风，气流经高架地板孔洞至回风夹道。百级、十级区域，H14高效过滤器及U16超高效过滤器需要满布。
实验室所配洁净空气处理机组的功能段组合顺序如下：新风段→初效过滤器段→回风段→中效过滤器段→冷盘管段→辅助电加热段→电极加湿段→送风机段→均流段→亚高效过滤段→出风段。
洁净实验室内隔墙采用双面岩棉彩钢板，液槽式吊顶龙骨及高架地板经喷涂防腐处理，混凝土楼板地面及墙面涂环氧树脂处理。新风、回风及排风管采用镀锌钢板，外加橡塑保温。
洁净系统空调自动控制：
洁净实验室正压控制：洁净空气处理机组采用变频风机电机，新风管上设置电动调节阀，用于控制房间新风量以及房间正压，由洁净实验室的正压值来调节电动调节阀的开度，使洁净实验室的正压值不随生产设备的排风量的变化而变化，电动调节阀的开度变化引起总送风管上的静压变化，根据其设定值来调节风机的频率，以达到控制目的。
洁净实验室湿度控制：洁净实验室的湿度由新风量来决定，控制洁净空气处理机组的送风状态点，根据送风状态设定值，来调节电极加湿器的加湿量。
洁净实验室温度控制：洁净实验室的湿度由洁净空气处理机组来保证，根据室内温度来调节表冷器回水管路上电动二通阀的开度。（直接蒸发系统的根据室内温度来调节室外压缩机的起停）。
